Nusipelnusios kraštotyrininkės upyniškės Marijos Čilvinaitės teigimu, dabartinėse Upynos kapinėse pradėta laidoti parapijiečius po to, kai jose buvo palaidota Upynos dvaro savininko Tadeušo Slavočinskio šeima, t. y. nuo devynioliktojo amžiaus pabaigos. Iki tol laidodavo bažnyčios šventoriuje ir aplinkinių kaimų kapeliuose.
Šventoriuje pirmoji Upynos medinė bažnyčia buvo pastatyta 1706 metais, o jai sudegus, 1836 metais pastatyta dabartinė, taip pat medinė bažnyčia. Šventorius yra neišlyginta kalva. Manoma, jog čia būta senkapio. 1984 metais, kasant po bažnyčios zakristija rūsį centrinio šildymo katilinei, o šventoriuje kasant tranšėją žaibolaidžiui, buvo užtikta daug žmonių kaulų.
Bažnyčios šventoriuje dar yra išlikusios keturios kapavietės jau vėlyvesniųjų laidojimų. Dažniausiai tai kunigų giminės.
1. Palaidota kunigo Vladislovo Apulskio sesuo (1907 — 1913).
2. Devynioliktojo amžiaus gale palaidotas Petras Martinkus iš Miškinių kaimo.
3. Palaidoti Jonas (1879 — 1949) ir Agnietė (1888 — 1966) Serapinai iš Būbliškės kaimo (kunigo tėvai). Ant paminklo užrašyta: „BRANGŪS TĖVELIAI, AMŽINA ŠVIESA JUMS TEŠVIEČIA. DĖKINGI VAIKAI".
4. Palaidotas 1869 — 1877 metais Upynoje klebonavusio kunigo Minioto tėvas. Ant kapo tebestovi metalinis kryžius su užrašu: „S. P. SZYMON MINIATT Ur. 1806 c. Ug. 1880 c.
Upynos kapinės yra pietvakariniame miestelio pakraštyje, prie kelio Upyna — Vytogala. Tai neaukšta kalva, kurios kraštinės 87 x 93 x 80 x 73 m. Savo forma tai nelygiašonis keturkampis, apmūrytas akmenine tvora — „zomatu". Seniau ši akmeninė tvora, taip pat ir bažnyčios šventorių juosiantis „zomatas", buvo dengti mediniu stogeliu. 1929 metais Upynos klebonas Mykolas Lovčikas pašalino medinio stogelio liekanas ir kapinių bei šventoriaus „zomatus" apliejo betonu. Taip susidarė vienašlaitis betoninis stogelis. Klebonas M. Lovčikas prašė vyskupo leidimo parduoti bažnyčiai priklausiusias Šunės pievas Žakaimyje ir tokiu būdu gauti lėšų kapinių ir šventoriaus „zomatų" tvarkymui. Yra išlikęs vyskupo raštas, draudžiantis parduoti bažnyčios žemę. Matyt, lėšos buvo surastos kitur.
Kapinių viduryje yra laidojimo rūsys, dabar užpiltas žemėmis. Jo papėdėje yra antkapinė plokštė su užrašu: „ZONA NAYLEPSZEMU MĖZOWI TADEUSZOVVE SLAWOCZYNSKIEMU Sed. Gr. Ur. 1779 c. Ug. 1888 X 26".
Šalia šio rūsio, kiek aukščiau, kalvelės viršūnėje yra medinė koplyčia, vadinama „kaulinyčia", kurioje seniau sudėdavo kapo kaulus, iškastus kasant kapo duobes. Vieną kartą metuose tuos surinktus kaulus vėl palaidodavo karste, ir tą dieną būdavo laikomos Šv. mišios už visus parapijos mirusiuosius. Pirma tokia koplyčia — „kaulinyčia" buvo pastatyta devynioliktojo amžiuje. Ją statė Vincas Mišeikis iš Vytogalos. 1938 metais mokytojo Antano Šlepiko ir Kazimiero Jurgaičio iniciatyva koplyčia — „kaulinyčia" buvo naujai perstatyta toje pačioje vietoje. Meistro pavardė nežinoma. Koplyčią pašventino Upynos klebonas Jonas Kalvaitis. Šioje koplyčioje buvo upyniškio dievdirbio Juozo Stankaus darytos medinės skulptūros: Marija Sopulingoji, Verkianti moteris, Šv. Rokas. Dabar yra išlikęs tik Šv. Rokas. Kitas skulptūras išvogė 1975 metais.
Seniau kapinėse buvo daug medinių ir metalinių kryžių, kuriuos prieš keletą dešimtmečių žmonės išmetė į patvorį — prie „zomato", o savo šeimų kapus papuošė naujais akmeniniais paminklais. Dalį išmestų kryžių pasisekė surinkti į Upynos amatų muziejų, dalis perduota Rumšiškių buities muziejui. Dabar kapinėse yra tik devyni mediniai kryžiai ir vienas koplytstulpis. Ant kelių išlikusių metalinių senų kryžių yra senovinių, šio amžiaus pradžios užrašų:
SIP
IONC AIDINKS PRASZA SUK SWEIKA MARIJA
[Jonas Eidininkas prašo sukalbėti „Sveika Marija"]
ATA
WINCENTA JONUTIENI PR.3.S.M.
[Vincenta Jonutienė prašo sukalbėti tris „Sveika Marija"]
S P
ONA JURGILATE AIDININKENE PRASZA SUKALBETI AWEIKA MARIJA KRYZIUS STATYC 1902 M [Ona Jurgilaitė- Eidininkienė prašo sukalbėti „Sveika Marija". Kryžius statytas 1902 m.]
A A
KAZIMIERAS PRABUŠAS 1903 M SPALIAUS 14 PRASZO SUKALBĖTI SWEIKA MARIJA
[Kazimieras Prabušas. 1903 m. spalio 14 d. Prašo sukalbėti „Sveika Marija"]
S. P.
1905
CZE ILSTAS BALTRAMIEJUS GUDINCKIS PRASZA SUKA TEWE MUSU
[Čia Ilsisi Baltramiejus Gudinskis. Prašo sukalbėti „Tėve mūsų"]
A A
BARBORA PETRONELI ASIENIAS PRASZOM SUKALBETI SWEIKA MARIJA
[Barbora, Petronėlė Asienės. Prašom sukalbėti „Sveika Marija"]
S. P.
CZE ILSTA RI1 DAR ILSIESIAS CZYLWINU FAMILIJA ISZ PALINDRINIA M. 1905
[Čia ilsisi ir dar ilsėsis Čilvinų familija iš Palindrinio. M. 1905]
Upynos kapinėse yra palaidoti Atlanto nugalėtojo Stasio Girėno artimieji. Pagrindinio tako dešinėje pusėje, kiek atokiau yra palaidotas Stasio Girėno brolis Petras Girskis — Girėnas, miręs 1960 metais ir tėvai Juozas ir Marijona. Antkapiniame paminkle yra užrašas: „Tu ėjai sunkų kelią ir našta buvo sunki. Tebūnie Tau gimtoji žemelė lengva".
Kairėje pagrindinio tako pusėje, už koplyčios, šeimos kape palaidota upyniškė nusipelnusi Lietuvos kraštotyrininkė Marijona Čilvinaitė (1900 — 1995).
Prie pat tako, kairėje jo pusėje stovi grakštus juodo granito paminklas, kurį draugai pastatė prieš laiką Anapilin iškeliavusiam upyniškiui, talentingam literatūros tyrinėtojui ir kritikui Jonui Kaminskui (1929-1966).
Kapinėse ilsisi nemaža šio krašto švietėjų — mokytojų. Kapinių kalnelio viršuje už koplyčios palaidotas ilgametis Upynos mokytojas Antanas Šlapikas (1875 — 1946), kuris skaitydavo ūkininkams paskaitas įvairiuose apylinkių kaimuose. Antkapinis paminklas bendras jam ir jo šeimos augintinės vyrui, Upynos vidurinės mokyklos mokytojui Vincui Urbonui (1925 — 1987). Kapinių gale, kairiajame jų pakraštyje supiltas kapas Upynos vidurinės mokyklos mokytojui Algirdui Bargailai (1935 — ?). Šiose kapinėse ilsisi veikli mokytoja ir medicinos sesuo, partizanų ryšininkė Stasė Sungailaitė-Sanutienė iš Vytogalos (1924 - 1972). Jau seniai čia atgulė pirmieji šio krašto švietėjai — daraktoriai: Vincentas Bružas iš Vytogalos (1868 — 1952) ir Julija Lukošaitė iš Upynos (mirusi 1946 m.).
Kaip ir visos Lietuvos, taip ir šio krašto gyvenimas niekad nebuvo ramus. Kraštotyrininkės Marijonos Čilvinaitės teigimu, prieš kapines, kitoje kelio pusėje, kiek arčiau miestelio, prie dabartinės pieninės stovėjusios kartuvės 1863 metų sukilėlių egzekucijai. Kapinėse, pagrindinio tako dešinėje, netoli tvoros bendro šeimos kapo paminkle paminėtas Karolis Prosevičius, miręs tremtyje Archangelske, kur buvo ištremtas po 1863 metų sukilimo.
Upynos kapinėse amžino poilsio atgulė per vargus į gimtas vietas sugrįžę carinės Rusijos rekrūtai vytogališkiai Lopša ir Matuzas, bei Vincentas Platūstis iš Gudirvių kaimo, išgyvenęs 117 metų.
Upynos kapinėse ilsisi ir dvidešimtojo amžiaus kovotojai už Lietuvą. Vieni sąmoningai suvokę savo gyvenimo misiją, kiti suklaidinti ir pasimetę šio amžiaus gyvenimo verpetuose. Vasario 16-ąją papuošiamas gėlėmis Lietuvos savanorio Jono Martinkaus iš Petkalnio kaimo kapas. Jis kautynėse prie Giedraičių su draugais vos nepaėmė į nelaisvę generolo Želigovskio.
Iškentę sovietmečio kalėjimus ir tremtį, sugrįžę į Lietuvą, Upynos kapinėse amžinam poilsiui atgulė Steponas Gudinskis iš Kliūkių kaimo,
Antanas ir Jadvyga Kaspučiai iš Patulės, Motiejus Jurgaitis iš Paupynio, Kazys Mažeikis iš Mankaičių, Magdalena Martinkienė iš Vytogalos, Simas ir Joana Dabulskiai iš Pabremenio, Jūzups Macijauskas iš Ringalių. Čia ilsisi ir politiniai kaliniai Petras Zaleckas iš Dvariškių, Stasys Jurgaitis iš Upynos, Joana Zaleckienė iš Dvariškių.
Upynos kapinėse yra palaidoti pokario partizanai broliai Vladas ir Kazys Survilai iš Patulės. Sovietų valdžia neleido viešai kapinėse laidoti žuvusių partizanų. Jų išniekinti kūnai tysodavo miestelio aikštėje ir tik po to slapčiomis būdavo užkasami. Žuvę kovose Jurgis Koveckis-Marsas iš Kaušų, Bronius Urbonas iš Upynos, Jonikas ir Vanda Jonikai iš Skaudvilės, Kazys Bagdonas — Ūdra iš Tūbinių, Benius Šalčius-Sakalas, Aleksas Petrošius — Žalgiris iš Dvyliškės, Vladas Survila — Liepa iš Patulės, vokietis Oskaras ir dar penki nežinomi partizanai buvo užkasti Upynoje, nepagarbioje vietoje. Jie dar neperlaidoti. Negalutiniais duomenimis ne Upynos kapinėse yra perlaidoti 3 Upynos apylinkėse žuvę ir anuomet buvę Upynoje užkasti partizanai: Kazys Kulkys-Perkūnas iš Sodalės, Petras Vilnikas iš Batakių, Vacius Norvaišas iš Girdiškės. Dar ne visi žuvusių partizanų palaidojimai yra išaiškinti.
Upynos kapinėse palaidoti Aleksandras (1899 — 1947) ir Barbora (1897 — 1947) Petraičiai. Antkapiniame paminkle užrašas: „Mamyte, tėveli, kokia sunki našlaičių dalia. Liūdi vaikai". Tai pokario plėšikų, apsimetusių Lietuvos partizanais, nužudytos aukos. Kaimynai įtaria šių žudynių organizatorių, kuris dar gyvas, tik išsikėlęs iš Upynos. Taikiai šiose kapinėse ilsisi ir kitos pusės žuvusieji: Žemaičių Naumiesčio teisėjas Pranas Masalskis, įtartas išdavikišku partizano Suginto nužudymu, ir atsitiktinai su juo tada iš Žemaičių Naumiesčio atvyjęs, nieko bendra neturėjęs jaunuolis Pranas Burzdžius. Čia taip pat palaidoti sovietiniai aktyvistai Stasys Miklius, Juozas Norkus ir jo žmona Elena, pirmoji Upynos komjaunuolė Bronė Albrektaitė. Taip pat čia ilsisi paprasti, atrodo, atokiai nuo politikos laikęsi žmonės: Marijona Ačienė, Jonas Brieva, Juozas Verpečinskas, Juozas Stankus, Antanas Ruzgis.
Upynos kapinėse ilsisi daugybė taikių amato žmonių, ramiai išėjusių Anapilin, tačiau palikusių savo gyvenimo pėdsakus. Po senais metaliniais kryžiais sugulę jų meistrai kalviai Petras ir Jonas Keršuliai iš Vytogalos, kalviai Stasys Petrauskas ir V. Juravičius iš Kliūkių, kurie kalė dar 1863 metų sukilėliams „dzidas" — ietis. Prano Jurgaičio iš Gudirvių kaltos saulutės puošė daugelį šio krašto koplytstulpių. Kalvis Aleksas Maulius iš Paupynio laisvesniu metu pasiūdavęs ir batus. Kalvis Jonas Paniulaitis iš Petkalnio ilgą laiką dirbo dar ir kolūkio tekintoju.
Nemažai gabių medžio meistrų ilsisi Upynos kapinėse. Tai garsūs dievdirbiai Juozas Stankus iš Gegužių kaimo ir čuvašas Grigerijus, po Pirmojo pasaulinio karo likęs Lietuvoje, Ringalių kaime, kur susirado žmoną lietuvaitę ir lietuvišką Mačiulio pavardę. Čia ilsisi ir dailidės, statę namus, darę ratus, o kai kurie ir gražius ornamentuotus kryžius bei koplytstulpius: Kazimieras Bambalas, Pranas Stanevičius, Albinas Daukša, Vincas Mišeikis iš Vytogalos kaimo; Juozas ir Pranas Martišiai, Pranas Kvietkus iš Paupynio; tėvas ir sūnus Stankai iš Gegužių, Jūzupas Jurgaitis, Antanas Andriuška, Jonas Kasputis, Jonas Šedbaras iš Upynos. Kartu su jais ilsisi ratų ir kubilų meistras upyniškis Antanas Jasaitis, reto amato - kalvaratų (verpimo ratelių) meistrai Jonas Dilnikas iš Petkalnio, broliai Kazimieras ir Viktoras Bičkai iš Sodalės.
Kapinių pakraštyje, netoli kelio yra ilgamečio Vytogalos starostos (seniūno), visoje parapijoje žinomo gabaus savamokslio gyvulių daktaro Jono Stanevičiaus (1866 — 1952) kapas. Prie kapinių vartų atgulė jo mokinys Jonas Mišeikis, ilgametis Vytogalos kolūkio veterinarijos sanitaras, be galo paslaugus, niekad niekam neatsakęs pagalbos, visų tik geru minimas.
O iš Upynos kapinėse atgulusių muzikantų — smuikininkų, bandonininkų, armonikierių — susidarytų gera kapela. Tai vytogališkiai broliai Jonas, Pranas ir Antanas Čepai, Petras Vaičys, Pranas Gestautas, Juozas Jucius ir Silvestras Petrauskas. Pastarasis grodavęs su „Palše", mat, pardavęs karvę, nusipirko bandoniją. Iš Paupynio kaimo Upynoje palaidoti muzikantai Pranas Kvietkus, Pranas Martišius, iš Miškinių — Juozas Gajauskas, iš Upynos - Antanas Auryla, Alfonsas Survila, Aleksas ir Vincas Sugintai.
Upynos kapinėse ramiai guli medžiotojai, nepakeičiami medžioklės istorijų pasakotojai, nepailstantys kiškių ir lapių persekiotojai Jonas Paniulis iš Petkalnio, Antanas Auryla ir mokytojas Algirdas Bargaila iš Upynos. Vytogališkis Jonas Gestautas, pravardžiuotas Starbuviu (mat caro laikais buvo kaimo starasta), per medžioklės aistrą pasiskubino ne laiku iškeliauti Anapilin, nes persišovė bemedžiodamas kiškius Kliūkių laukuose.
Savo paskutinę kelionę į amžino poilsio vietą upyniškiai nukeliavo pro senuosius kapinių vartus, ant kurių vartų arkos — „bromos" — buvo užrašas: „ATILSIO NAMAI". Dabar to užrašo neliko. Ir patys senieji vartai vos atlaikė sovietinį ideologinį valymą. 1982 metais Upynos apylinkės pirmininkas R. Radzevičius organizavo Upynos kapinių tvoros (palei kelią) tvarkymą. Tvoros mūras buvo restauruotas, iškirstos tvoros pakraščiais augusios alyvos ir eglaitės, saugojusios kapines nuo vėjų. Betoniniai, cementu tinkuoti kapinių vartai, tiksliau, metalinis vartų rėmas („broma"), buvo gerokai apgriuvę. Apylinkės pirmininkas nusprendė tą „bromą" nugriauti ir jos vietoje įkalti du storus metalinius vamzdžius, prie kurių galima būsią pritvirtinti vartus. Buvo iškviestas traktorininkas Albinas Tamošaitis. Jo traktorius, panaudojant lynus, turėjo užkabinti ir nuversti vartus. Čia R. Radzevičius pamatė Upynos kraštotyrininką Klemensą Lovčiką su fotoaparatu, besiruošiantį įamžinti kapinių vartų gyvenimo pabaigą. R. Radzevičiui tai nepatiko ir jis pareikalavo pasišalinti ir netrukdyti darbo. Prasidėjo ginčas, ėmė rinktis žmonės. Atėjo ir Upynos klebonas A. Pūdžemis. Visi pradėjo prašyti R. Radzevičiaus, kad neverstų vartų, žadėjo sudėti pinigus jų remontui. Klebonas pažadėjo 200 rublių. Taip žmonės išgelbėjo vartus. „Bromą" gražiai restauravo upyniškis Benas Klimas. Tiesa, jis susilaukė apylinkės pirmininko priekaištų dėl vartų viršūnėje uždėtos senosios metalinės saulutės. Buvęs užrašas „ATILSIO NAMAI" nebuvo atkurtas. Šalia vartų tebeauga didžiulis maumedis, kuris įtrauktas į gamtos paminklų sąrašą.
1997 metais Upynos kapinių teritorija buvo praplėsta šiaurės vakarų kryptimi link maro kapelių. Papildoma 3100 m2 teritorija aptverta betoniniais stulpeliais ir vielos tinklu. Palei tvorą pasodintos tujos. Tiems darbams iš rajono biudžeto buvo skirta 10000 litų (betoniniai stulpeliai jau buvo nupirkti anksčiau už kitas lėšas). Darbus atliko Kvėdarnos melioracijos statybos valdyba (MSV).
1997 metų lapkričio 1 dienos vakarą po pamaldų už mirusius Upynos bažnyčioje klebonas Alvydas Bredikis, su procesija atėjęs į kapines, pašventino jų naują plotą.
1997 metais užrašė Klemensas Lovčikas iš Upynos, 60 m.